GENCODE（GENome COordination Database）是一个国际性的基因注释数据库，旨在为人类和鼠标基因组中的编码和非编码基因提供全面的注释信息。GENCODE的注释信息来自于多种数据源，包括实验数据、序列比对结果、转录组测序数据等。这些数据通过一系列的算法和分析流程进行整合和注释，生成了高质量的基因注释信息。

GigaDB（GigaScience Database）是一个开放获取的科学数据存储和共享平台，旨在促进生物科学和基因组学领域的数据共享和可重复性研究。GigaDB由GigaScience杂志和BGI（华大基因）共同建立和管理，它与GigaScience杂志密切合作，鼓励科学家将其研究数据与相关的科学出版物一起共享。GigaDB接收各种类型的生物科学数据，包括基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、生物图像数据等。这些数据可以来自于各种生物学实验、调查和研究项目。

GeneCards是一个集成的、可搜索的人类基因数据库，提供了关于已知和预测的所有人类基因的基因组相关信息。它是一个包含了基因组学、蛋白质组学、转录组学、遗传学和功能信息的人类基因数据库。

UALCAN基于两个背景数据库：一个是TCGA，提供了目的基因在肿瘤不同亚型、分期等中的表达水平，还包括目的基因表达水平与患者生存的关系，甲基化修饰等信息，并提供了统计学检验的p value。另一个是CPTAC和 ICPC，可针对多种肿瘤类型进行蛋白表达及蛋白磷酸化修饰水平分析。

可选择不同的差异分析方法及修改cutoff值。

Metascape是一个专为生物学者设计的在线基因列表分析工具，它通过整合多个权威的生物信息数据库，如GO、KEGG、UniProt和DrugBank等，提供了一个强大的平台来进行基因功能注释和富集分析。

JASPAR is the largest open-access database of curated and non-redundant transcription factor (TF) binding profiles from six different taxonomic groups.选择脊椎动物，输入的序列，选中所有转录因子或某个转录因子，即可进行分析。

Gene Expression database of Normal and Tumor tissues 2 (GENT2) is an updated version of GENT, which has provided a user-friendly search platform for gene expression patterns across different normal and tumor tissues compiled from public gene expression data sets.

CellMiner is a database and query tool designed for the cancer research community to facilitate integration and study of molecular and pharmacological data for the NCI-60 cancerous cell lines. The NCI-60, a panel of 60 diverse human cancer cell lines used by the Developmental Therapeutics Program of the U.S. National Cancer Institute to screen over 100,000 chemical compounds and natural products (since 1990).

Genomes Online Database, is a World Wide Web resource for comprehensive access to information regarding genome and metagenome sequencing projects, and their associated metadata, around the world.基因组在线数据库，是一个万维网资源，用于全面访问有关基因组和宏基因组测序项目及其相关元数据的信息。

COSMIC, the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer, is the world's largest and most comprehensive resource for exploring the impact of somatic mutations in human cancer.

ClinVar archives and aggregates information about relationships among variation and human health.ClinVar是一个由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的免费、公开的数据库，专门用于收集、存储和共享人类基因组变异与临床表型（如疾病）之间关联的信息。它于2013年推出，现已成为临床遗传学研究和诊断中至关重要的参考资源

ArrayExpress 是一个由欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）维护的、公开的功能基因组学数据库，主要用于存储和共享高通量实验数据，如基因表达微阵列和高通量测序数据。它通过集中存储和标准化注释，极大地促进了科学数据的共享、重用和整合分析，是基因表达研究、疾病机制探索等领域不可或缺的基础资源

UniProt是全球有关蛋白质方面信息最全面、使用频率高、冗余度最低的蛋白数据库，可免费获取高质量的蛋白序列和功能信息。数据库由Swiss-Prot（瑞士生物信息研究所）、TrEMBL（欧洲生物信息研究所）和PIR-PSD（蛋白信息资源）三大数据库的数据整合而成。其数据主要来自于基因组测序项目完成后获得的蛋白质序列，并包含了大量来自文献和人工注释的蛋白质的生物功能的信息。

EMBL-EBI（European Bioinformatics Institute）是欧洲生物信息研究所，是欧洲分子生物学实验室（EMBL）的一部分。它是一个世界领先的生物信息学研究中心，致力于为全球科学界提供生物信息学和基因组学领域的服务和资源。EMBL-EBI的使命是通过提供开放获取的生物信息学工具、数据库和资源，支持生命科学研究和创新。它的服务范围涵盖了基因组学、蛋白质组学、转录组学、结构生物学、代谢组学等多个领域。

WWPDB（Worldwide Protein Data Bank）是一个全球性的蛋白质数据银行联盟，旨在收集、存储和分发蛋白质结构相关的实验数据和信息。WWPDB通过收集、验证和存储蛋白质结构的实验数据，为全球科学界提供了一个重要的资源。

PIR（Protein Information Resource）是一个蛋白质信息资源，提供了全球范围内的蛋白质序列和功能相关信息。PIR的目标是收集、整理和提供蛋白质的基本信息，包括序列、结构、功能、进化和注释等方面的数据。它的数据库包含了大量的蛋白质序列和相关信息，涵盖了多个物种和蛋白质家族。

InterPro是一个集成的蛋白质功能注释数据库，用于预测和注释蛋白质的功能、结构和相互作用。InterPro整合了多个功能预测方法和数据库，包括PROSITE、Pfam、PRINTS、SMART、SUPERFAMILY等，涵盖了多种蛋白质功能注释的方法和资源。它通过比对蛋白质序列和结构与已知的功能域、模体和家族库，来预测和注释蛋白质的功能。

PredictProtein是一个用于蛋白质结构和功能预测的在线工具和平台，利用多种方法和算法来预测和分析蛋白质的结构和功能。它提供了蛋白质结构预测、功能注释、互作预测等功能，并提供了可视化和分析工具，帮助研究人员理解和解释蛋白质的结构和功能。

IUPHAR-DB是一个国际基础与临床药理学数据库，旨在提供全面、准确的药理学数据和信息。它收集和整理了药物靶点、作用机制、分类和命名等方面的知识，为研究人员提供了重要的参考和支持。IUPHAR-DB的数据和知识有助于理解药物的作用机制、药理学特性和药物靶点，推动相关研究和应用的发展。

IPSA是一个在线的质谱可视化平台，可以通过导入数据及填写相关方法信息，生成可交互的图形。

utils是一个整理了质谱常用软件、网站及数据库的网站。包含质谱常用软件，数据可视化，格式转换，峰提取/反卷积，PTM，蛋白质鉴定，蛋白质定量，蛋白结构，质谱成像，同位素分析计算等相关资源链接

BRENDA是一个酶数据库，提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据。该数据库主要基于文献，主要部分包含来自约13000种生物的约9万种酶的500万条数据，是从约15.7万种主要参考文献中手动提取的。可用于酶-配体相互作用和酶数据可视化。

The Gene Ontology (GO) 是一个用于描述基因功能、细胞组成和生物过程的标准化分类系统。它通过术语和层级关系描述基因的功能特征，为基因功能注释和基因表达数据分析提供了一个统一的标准。

BioGRID（Biological General Repository for Interaction Datasets）是一个生物学相互作用数据的综合数据库。它提供了广泛的物种间和物种内的蛋白质相互作用数据，包括物理相互作用、遗传相互作用和功能相互作用等。

Reactome数据库是一个整合了人体生命活动途径和过程的数据库，包含细胞代谢和信号通路，同时对每条通路会提供深入的注解和文献。数据以人类相关数据为主，同时也含有其他二十多种物种的数据。数据库中包含生化过程网络图，其中参与的蛋白分子会有详细注释，为人们提供了一个全新的从整体水平上对生物学途径进行研究的工具。

string是一个基因、蛋白质相互作用关系检索工具。它可以用于获取独特的，覆盖范围广的实验以及预测的蛋白相互作用关系。用户可以通过蛋白名称或者序列进行查询，结果以可点击互动的网络图展示。

ConsensusPathDB是一个整合了多种生物学数据库的综合平台，提供全面的生物通路和相互作用信息。它整合了通路数据和相互作用数据，并提供了数据注释、可视化和分析工具，为研究人员提供了一个重要的资源来研究基因、蛋白质和化合物之间的相互作用。

PhosphoSitePlus是一个专注于研究蛋白质磷酸化的综合数据库，提供了全面的磷酸化信息和相关注释。它收集了磷酸化数据，并提供了数据注释、可视化和分析工具，帮助研究人员深入了解蛋白质磷酸化在细胞信号传导和调控中的作用。

PDB（Protein Data Bank）是一个全球性的蛋白质结构数据库，它存储了大量的蛋白质结构数据，并为科学研究人员提供了一个重要的资源来研究蛋白质的结构和功能。由结构生物信息学研究合作组织（Research Collaboratory for Structural Bioinformatics，简称RCSB）维护。和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。PDB是目前最主要的收集生物大分子（蛋白质、核酸和糖）2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库。

可以进行蛋白质结构相互对比的数据库

ProteomeXchange（PX）是一个国际蛋白质组学数据共享联盟，旨在为全球研究者提供标准化、高质量的质谱蛋白质组学数据存储与共享服务。它通过整合多个核心数据仓库，建立了统一的数据提交和分发管道，以促进数据的开放获取和再利用。

miRBase是一个广泛使用的miRNA（microRNA）序列数据库，它提供了全球范围内已知的miRNA序列、注释和相关信息。它帮助研究人员深入了解miRNA的功能、表达模式和调控机制。通过数据注释和标准化、查询和分析工具，以及数据共享和合作，miRBase为miRNA研究提供了一个重要的资源。

TarBase是一个已建立的miRNA靶点数据库，专注于生成、整理和提供高质量的实验支持的miRNA靶点信息。

TargetScan是一个广泛使用的miRNA靶点预测工具，用于预测miRNA与mRNA靶点的相互作用。它基于miRNA的序列信息和mRNA的3’ UTR序列，通过分析二者之间的互补配对来预测潜在的miRNA靶点。

RNAhybrid是一种用于预测RNA-RNA相互作用的计算工具。它可以在两个RNA序列之间预测可能的互补区域，并计算出它们之间的自由能。RNAhybrid的主要应用是研究RNA分子之间的相互作用，比如miRNA与mRNA之间的结合，以及其他RNA-RNA相互作用的研究。它可以提供有关RNA结合区域的位置和强度的信息，有助于理解RNA相互作用的机制。RNAhybrid的输入是两个RNA序列，输出是它们之间的可能互补区域和自由能的计算结果。该工具可以通过命令行界面或在线网页形式使用。

miRDB是一个广泛使用的在线数据库，用于预测和分析miRNA（microRNA）与靶基因之间的相互作用。miRDB提供了大量的miRNA靶基因预测结果，并提供了相关的功能注释和生物信息学分析工具。

TransmiR是一个在线工具和数据库，用于预测和分析转录因子（TF）与miRNA之间的相互作用。它提供了转录因子调控miRNA的预测结果，并提供了相关的功能注释和生物信息学分析工具。

ChIPbase是一个在线数据库，专门用于存储和分析转录因子结合位点（TFBS）和染色质免疫沉淀（ChIP）数据。它提供了广泛的基因组规模的转录因子结合位点数据，以及与转录因子结合相关的注释信息和功能分析工具。

HMDD（Human microRNA Disease Database）是一个专门用于存储和分析人类microRNA（miRNA）与疾病相关信息的数据库。miRNA是一类短小非编码RNA分子，在基因表达调控中起着重要的作用。HMDD的目标是为研究人员提供一个集中的资源，以便他们能够更好地理解miRNA与疾病之间的关联。

mir2disease是一种基于微小RNA（miRNA）的疾病关联预测工具。mir2disease的目标是通过分析miRNA与疾病之间的关系，预测miRNA与特定疾病的相关性。通过mir2disease，研究人员和医生可以快速地获取miRNA与疾病的关联信息，从而深入了解疾病的发生机制和潜在的治疗靶点。这对于疾病的早期诊断、治疗策略的制定以及新药研发具有重要意义。

miRNA与人类癌症发病相关信息的数据库

miREnvironment可以帮助科研人员分析miRNA与环境因素（如毒物、药物、营养等）之间的相互作用，以揭示miRNA在环境响应中的调控机制。

incRNADisease是一个专注于研究和分析长非编码RNA（lncRNA）与疾病关联的数据库和工具。通过使用incRNADisease，研究人员可以深入了解lncRNA在疾病发生和发展中的功能和调控机制，为疾病的诊断、治疗和预防提供重要的指导和启示。

noncode是一个专注于非编码RNA（noncoding RNA）的数据库和工具。通过使用noncode，研究人员可以深入了解非编码RNA在基因调控、细胞过程和疾病发生中的功能和调控机制，为生命科学研究提供重要的资源和工具。

circBase是一个专注于环状RNA（circRNA）的数据库和工具。circRNA是一类闭合环状的非编码RNA分子，由反向剪接事件形成，具有稳定性高、表达量丰富、保守性强等特点。通过使用circBase，研究人员可以深入了解circRNA在基因调控、细胞过程和疾病发生中的功能和调控机制，为生命科学研究提供重要的资源和工具。

circAltas是一个专注于环状RNA（circRNA）的数据库，提供了详细的circRNA注释和分析结果。

circBank是一个专注于环状RNA（circRNA）的综合数据库，旨在为研究人员提供全面的circRNA注释和分析结果。

Starbase是一个多功能的数据库和分析平台，用于研究和分析与癌症相关的各种数据。它整合了来自TCGA项目的32种癌症类型的数据，包括lncRNAs、miRNA、snoRNAs、mRNA等等。Starbase提供了强大的功能，可以用于预测mircRNA的靶标，并提供了可视化界面来探索microRNA的靶标。此外，Starbase还可以根据高通量的CLIP-Seq实验数据和降解组实验数据搜索micorRNA的靶标，并提供各种可视化界面。

HMDB（Human Metabolome Database）是一个综合的人类代谢物数据库，旨在提供关于人类生物体内代谢物的全面信息。

Metlin Gen2是一种先进的代谢组学数据库，旨在提供全面的代谢物信息和相关的实验数据。

BiGG Models（Biochemical, Genetic, and Genomic Models）是一个综合的生物化学、遗传和基因组模型数据库，旨在提供全面的代谢通路和代谢网络模型。

HumanCyc是一个专门针对人类的代谢通路和代谢网络数据库，提供了全面的人类生物体内代谢反应和相关基因的信息。

Metabolomics Workbench是一个由美国国立卫生研究院（NIH）资助的项目，旨在创建一个公共、互动式的代谢组学元数据和实验数据库。该工作台支持多种实验平台和物种，提供了代谢物标准、结构、协议、教程、培训材料以及其他教育资源。

MetaboAnalyst是一个基于网络的代谢组学数据分析平台，自2009年首次发布以来，已经发展成为一个功能全面的工具，用于代谢组学数据的处理、分析和解释。该平台支持定量和非定量代谢组学数据的分析，并能够与其他组学数据进行整合。MetaboAnalyst提供了多种功能模块，包括统计分析、功能注释分析（如富集分析和通路分析）、以及原始MS光谱的处理等。

MetaboLights是一个专门用于代谢组学实验及其衍生信息的数据库。这个数据库不仅包含了代谢物的参考光谱和化学信息，还广泛注释了数据字段，如NMR和MS光谱，目标物种，代谢途径和反应。

微生物和疾病关联信息数据库。

Disbiome®是一个涵盖不同种类疾病中微生物组成变化的数据库，由根特大学管理。

gutMGene是一种用于分析肠道微生物组的工具，它可以帮助研究人员和医生了解肠道微生物的组成和功能。肠道微生物组是指人体肠道中存在的各种微生物的集合体，包括细菌、真菌、病毒等。

Drugvirus是一种用于研究和分析药物与病毒相互作用的工具。它可以帮助科研人员和医生了解药物对病毒的抗性、疗效以及可能的副作用。在研发新药物、优化治疗方案和预测药物耐药性方面具有重要的应用价值。

包含所有生物的分类和命名的分类，用来规范微生物的名称。

DiseaseMeth是一种用于研究和分析疾病相关的DNA甲基化数据的工具。可以用于研究不同疾病的甲基化特征，发现潜在的甲基化标志物，为疾病的早期诊断和治疗提供依据。此外，通过分析甲基化数据，还可以了解疾病发生发展的分子机制，为疾病的治疗和预防提供新的思路和策略。

RM2Target是一种用于预测和分析RNA分子与靶标蛋白相互作用的工具。可以用于研究RNA的功能和调控机制，发现新的RNA靶点，辅助药物研发和药物设计。通过预测RNA与蛋白质的相互作用，可以帮助科研人员理解RNA参与的生物过程，从而揭示疾病的发生机制和寻找新的治疗方法。

methHC是一种用于分析DNA甲基化数据的工具，主要用于研究DNA甲基化与组织特异性、疾病发生和进展等方面的关系。可以用于研究不同组织或细胞类型之间的甲基化差异，发现组织特异性的甲基化标记物。此外，它还可以用于研究不同疾病的甲基化特征，发现潜在的甲基化标志物，为疾病的早期诊断和治疗提供支持。

RMBase v2.0是一个综合性的RNA修饰数据库，旨在收集、整合和分析各种类型的RNA修饰数据。可以用于研究不同RNA修饰的生物学功能和调控机制，发现新的RNA修饰标志物，辅助疾病诊断和治疗。

收集修饰位点及RNA修饰相关突变的数据，也整合了与异变相关的RBP结合区、miRNA-靶点和剪接位点等信息。

MODOMICS（Modifications of RNA）是一个专注于RNA分子修饰的综合性数据库和资源。可以用于研究RNA修饰在基因表达调控、细胞过程调控和疾病发生中的作用。它可以帮助研究人员发现新的RNA修饰类型和修饰酶，揭示RNA修饰的生物学功能和调控网络。

REPIC (RNA Epitranscriptome Collection) is a database dedicated to provide a new resource to investigate potential functions and mechanisms of N6-adenosine methylation (m6A) modifications. Currently, The database includes about 700 samples of 50 public studies that were reprocessed by our refined pipeline.

scRNASeqDB是一个基于单细胞转录组测序数据的数据库，用于存储和分析单个细胞的基因表达数据。scRNASeqDB收集了大量的单细胞转录组测序数据，包括不同物种、不同组织和不同发育阶段的数据。这些数据可以通过数据库进行查询和分析，帮助研究人员发现细胞类型、细胞亚型、细胞状态和细胞相互作用等信息。

Human Cell Atlas（人类细胞图谱）是一个大型国际合作项目，旨在建立一个包含所有健康人体细胞的参考图谱。该项目的目标是揭示人体细胞的类型、数量、位置、相互关系和分子组分等信息。通过构建这个细胞图谱，研究人员可以更深入地了解人体的细胞组成和功能。

SCEA（Single-cell Expression Atlas）是一个在线数据库，旨在提供对单细胞转录组测序数据的广泛访问和分析。SCEA收集了来自各种生物体和组织的单细胞转录组数据，并提供了丰富的功能和工具，以帮助研究人员解析细胞的转录组表达模式和功能。

Cancer Single-cell State Atlas（癌症单细胞状态图谱）是一个研究项目，旨在通过单细胞测序技术来深入了解癌症的发展和进展。该项目通过对肿瘤组织中的单个细胞进行测序和分析，可以揭示不同细胞类型之间的差异以及细胞状态的变化。Cancer Single-cell State Atlas项目的目标是构建一个包含各种癌症类型的单细胞状态图谱，以帮助研究人员更好地理解癌症的发展过程和潜在的治疗靶点。通过分析大量的单细胞数据，研究人员可以识别不同细胞类型和亚群，并研究它们在不同疾病阶段的状态变化。

Single Cell Portal（SCP）是由Broad研究所开发的一个单细胞数据库。该数据库的目的是为使用者提供一个方便的平台，以加速单细胞分析的进程。

CDCP是一个单细胞数据集成、共享、分析的综合平台。用户可以在线获取CDCP单细胞数据平台收录数据集中样本的详细信息，并允许下载每个单细胞数据集的原始序列和表达矩阵。CDCP允许使用tSNE细胞降维图、不同细胞类型的聚类分析图以及显示不同细胞类型数量的直方图对每个单细胞数据集进行可视化，其中多个基因在不同细胞类型或簇中的表达模式可通过聚类图和小提琴图显示。可提供全面的单细胞数据资源和便捷的可视化在线分析工具。

PanglaoDB是一个基于单细胞转录组学数据的数据库，旨在提供全面的细胞类型和组织特异基因表达的资源。它由Panglao Project团队开发和维护，该团队由来自新加坡生物工程与生物医学研究所和斯坦福大学的研究人员组成。

Cell BLAST是一个基于单细胞转录组数据的工具，用于细胞类型的识别和分类。它由斯坦福大学的研究人员开发，旨在帮助研究人员在大规模单细胞数据中识别和分类细胞类型。Cell BLAST的核心思想是通过训练一个机器学习模型来对单细胞数据进行分类。该模型基于已知的细胞类型标签进行训练，学习了不同细胞类型之间的特征差异。然后，使用这个模型，可以将未知的单细胞数据进行分类，将其归类到已知的细胞类型中。

CellMarker：One of the most fundamental questions in biology is which types of cells form different tissues and organs in a functionally coordinated fashion. Larger-scale single cell sequencing and biology experiment studies are now rapidly opening up new ways to track this question by revealing substantial cell markers for distinguishing different cell types in tissues. Here, we developed the CellMarker databases, aiming to provide a comprehensive and accurate resource of cell markers for various cell types in tissues of human and mouse.

Vesiclepedia 是一个专注于细胞外囊泡（Extracellular Vesicles, EVs）和细胞外颗粒（Extracellular Particles, EPs）的综合性、免费在线数据库。它系统地收录了在这些囊泡中发现的各类分子成分数据，是外泌体研究领域的重要资源。

exoRBase 是一个专注于人类血液及其他体液中细胞外囊泡（尤其是外泌体）长链RNA（exLRs）的综合性数据库。它通过整合和分析RNA测序数据，为研究外泌体RNA在疾病生物标志物发现和细胞间通讯中的作用提供了重要资源。该数据库旨在系统性地收集、注释和可视化人类体液中细胞外囊泡（EVs）所携带的长链RNA，包括信使RNA（mRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA），以促进新型循环生物标志物的发现。

STOMICS空间转录组学数据库是与空间转录组学主题相关的文献和数据集的综合存储库，并为数据查看、分析和可视化提供了方便的工具。

OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）是一个在线的遗传疾病数据库，由约翰·霍普金斯大学医学院的医学遗传学家维护和更新。它是一个权威的遗传疾病信息资源，提供了关于人类遗传疾病的详细描述、遗传模式、基因突变和临床表现等信息。

Unified Medical Language System（UMLS）是由美国国家医学图书馆（National Library of Medicine，NLM）开发和维护的医学知识整合系统。它旨在整合和标准化医学领域的各种术语、分类和知识，以促进医学信息的交流和理解。UMLS的核心是一个包含数百万个医学术语和概念的元术语库（Metathesaurus）。这个库整合了来自不同医学领域的术语和概念。

The Disease Ontology（DO）是一个用于描述和组织疾病知识的开放性本体（ontology）。它提供了一个结构化的框架，用于对疾病进行分类和标准化，帮助研究人员和医学专家更好地理解和组织疾病信息。

DisGeNET is a discovery platform containing one of the largest publicly available collections of genes and variants associated to human diseases.DisGeNET integrates data from expert curated repositories, GWAS catalogues, animal models and the scientific literature. DisGeNET data are homogeneously annotated with controlled vocabularies and community-driven ontologies. Additionally, several original metrics are provided to assist the prioritization of genotype–phenotype relationships.

The Global Burden of Disease (GBD) study provides a comprehensive picture of mortality and disability across countries, time, age, and sex. It quantifies health loss from hundreds of diseases, injuries, and risk factors, so that health systems can be improved and disparities eliminated.

中国帕金森病及运动障碍疾病多中心数据库及协作网（Parkinson's Disease & Movement Disorders Multicenter Database and Collaboration Network in China, PD-MDCNC），包含了帕金森病及运动障碍疾病，是一个集临床诊治、结局随访、头颅影像、环境因素、生物marker、基因组学、生物样本等综合信息的大数据库。

MalaCards 是一个面向人类疾病的综合性数据库，采用 GeneCards 的架构与技术体系，将来自 68–74 个不同来源（如 OMIM、KEGG、DrugBank、UMLS、ClinVar 等）的疾病信息统一整合，形成约 17 000–21 000 条疾病卡片（MalaCard）。MalaCards 通过 大规模自动化数据挖掘 + 人工质量控制，为科研人员、临床医生以及药物研发者提供了一个 ‍“一站式”‍ 的疾病信息平台。它不仅覆盖了几乎所有已知人类疾病，还把基因、变异、药物、通路等多维度数据统一呈现，极大提升了疾病研究的效率与深度。

DrugBank是一个广泛使用的药物数据库，提供了关于药物的详细信息。它是一个综合的、可靠的药物知识库，包含了大量的药物相关数据，如药物的化学结构、药理学特性、药物相互作用、临床应用等。

PubChem是一个由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的化学物质数据库，旨在提供有关化学物质的详细信息以及其与生物活性、毒性和药理学之间的关联。PubChem的功能包括化合物搜索、生物活性和毒性数据、化合物相似性搜索等。

Providing accurate, impartial information on more than 24,000 prescription drugs and OTC medications.

CTD是一个综合性的毒性基因组学数据库，提供了化学物质、基因和疾病之间的关联信息。它的数据来源广泛，包括科学文献、药物注册机构和化学数据库。CTD的功能包括毒性关联检索、毒性通路分析、基因表达调控等。

本数据库收载约15万个化合物（包括大量化学药物）的有关毒理方面的数据，如急性毒性、长期毒性、遗传毒性、致癌与生殖毒性及刺激性数据等，并提供数据来源。本数据库为药物开发者提供大量活性物质毒理学方面的资料。

药物研究集合生物医药领域的各类数据信息，涉及药品研发、生产检验、合理用药、中药材等上千万条数据，集数据采集、知识抽取、知识溯源、知识分析等功能为一体的药学知识系统，采用知识图谱技术实现药学数据间的整理和关联，为相关领域专家提供科学指导和辅助决策，以及全面的药物数据支持。

PharmGKB（Pharmacogenomics Knowledge Base）是一个专注于药物基因组学的知识库，旨在整合和提供药物与基因之间关联的信息。它为研究人员、临床医生和药物开发者提供了一个重要的资源，帮助他们了解个体基因差异对药物反应的影响，从而实现个体化药物治疗。

SymMap integrates traditional Chinese medicine (TCM) with modern medicine (MM) through both internal molecular mechanism and external symptom mapping, thus provides massive information on herbs/ingredients, targets, as well as the clinical symptoms and diseases they are used to treat for drug screening efforts.

ChEMBL is a manually curated database of bioactive molecules with drug-like properties. It brings together chemical, bioactivity and genomic data to aid the translation of genomic information into effective new drugs.

TTD（Therapeutic Target Database）是全球首个免费提供药物-靶标-疾病关联信息的专业数据库，专注于严格验证的疗效靶标（therapeutic target），涵盖FDA批准药物及临床试验阶段的靶点数据。

DGIdb, The Drug Gene Interaction Database, is a research resource that can be used to search candidate genes or drugs against the known and potentially druggable genome.DGIdb最初发布于2013年，汇聚了来自多个不同来源的药物-基因相互作用和药物性信息，提供了基因与其已知或潜在药物的关联信息。DGIdb所包含的基因主要是癌基因，但是也有一些其他疾病（例如，阿尔茨海默病、心脏病、糖尿病等）的相关基因。用户可以通过简单的搜索界面、应用程序编程接口（API）和TSV数据下载获得其中的信息。

ETCM,The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine covers the knowledge and science of prescriptions, Chinese herbal medicines, Chinese herbal medicines, targeted genes, and various aspects of diseases. It represents the role of each other from multiple levels and perspectives. Principle, a great reference for researchers. 中国传统医学百科全书,内容收录涵盖了从方剂,中草药,中药成分,靶向基因,疾病的多个方面的知识与科普,从多个层次与角度立体式的表现出它们相互之间的作用与原理,对科研人员有很大的参考价值

CiteAb号称是世界最大的抗体搜索引擎，其特色是搜索结果可根据抗体被引用的文献次数来排序。一般引用越多的产品，质量往往越有保障。

公司和分类一目了然！不仅提供专门的生物试剂搜索工具，还有文章、产品评论、网络研讨会、视频和技术聚焦等资源

Labome 这是个专门收录已经被实验证明过的抗体和试剂的数据库。相比于直接推荐，这个网站有两个优点，一个是能够帮你找到一些不常见的抗体，二是能够提供抗体的使用和直观比较。

Antibodypedia 收录的都是经过验证的抗体，为研究人员在特定应用选择合适的抗体提供参考。缺点是收录的抗体供应商相对较少。

The Human Protein Atlas 数据库可以查询蛋白在各种组织、细胞中的表达，其中的免疫组化图可以直接用在文章中。同时提供了相应实验所用抗体的具体信息，包括公司、货号还有用这个抗体做出来的实验结果

国内公司开发的抗体搜索网站，特点：基于文献引用量和影响因子提供抗体的客观产品评分，为抗体选择提供一个客观统一的标准。优势：操作简单，实验产品数据信息齐全。

提供用于R编程语言的生物信息学数据分析工具和软件包。The Bioconductor project aims to develop and share open source software for precise and repeatable analysis of biological data. We foster an inclusive and collaborative community of developers and data scientists.

ProteoWizard是一个用于处理组学数据的软件包，它包括了一系列的开源、跨平台的软件库和工具，如msconvert、Skyline、IDPicker和SeeMS等。这些工具和库支持快速开发蛋白质组学数据分析工具，通过提供一个健壮的、可插拔的开发框架来简化和统一数据文件访问，并执行标准的化学和液相色谱质谱（LCMS）数据集计算。

MZmine 2是一个基于Java开发的开源软件框架，主要用于处理、可视化和分析基于质谱的分子谱数据。MZmine 2能够处理低分辨率（单位质量）和高分辨率（精确质量）的数据，并且支持连续模式和离心模式，包括碎片化（MSn）扫描 。此外，MZmine 2具备强大的功能，如使用在线数据库识别峰、改进的同位素模式支持、散点图可视化以及基于随机样本一致性（RANSAC）算法的峰列表对齐新方法 。

FlowJo是一款专业的流式细胞数据分析软件，由美国斯坦福大学Leonard Herzenberg实验室研发。该软件支持单细胞流式细胞术和质量计量细胞术数据分析，提供直观的功能、出版质量的图形、插件架构以及与BD FACSDiva™软件的集成。FlowJo的主要特点包括其强大的数据处理能力，能够兼容几乎所有流式仪器采集的数据。它不仅适用于基本的数据分析，如直方图和曲线图的制作，还支持高级功能，如免疫表型分析、细胞周期分析、增殖和动力学研究等。

pyOpenMS是一个开源的Python接口，用于访问C++的OpenMS库。它为基于质谱的蛋白质组学分析提供了一个功能丰富的算法库。pyOpenMS是一个强大的工具，适用于质谱数据的分析和处理，特别是在蛋白质组学和LC-MS数据分析领域。

百迈客生物云计算平台：开启基因科技服务2.0时代。百迈客生物信息云计算平台是一个基于基因大数据的分析挖掘、共享管理和科研协作的整合平台。通过实时个性化分析、千万级共享基因数据库、可视化图形报告等核心功能，让用户能够自主进行基因大数据挖掘，从而更快的实现科研成果的产出。

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用AI识别抄袭或AI生成的内容，基于人工智能的文本分析，以识别潜在的抄袭和人工智能生成的内容，提供负责任的人工智能采用的完全透明度，确保无错误写作，并保护知识产权和版权

scite.ai是一个为科学研究人员提供独特平台的组织，旨在帮助他们找到和确定相关的科学出版物。该平台通过智能引文（Smart Citations）的方式，帮助研究人员更好地发现和评估科学文章。智能引文是一种显示引文的方式，它利用机器学习帮助学生和学者发现和理解研究文章。scite.ai拥有超过10亿条真实论文之间的引文语句数据库，这使得该人工智能工具能够从真实的文献中提供有意义的回应。通过scite.ai，科学研究人员可以更加快速准确地找到与自己研究相关的科学出版物。（国外网站，访问较慢）

SciChat AI 学术助手是一款为全球各科各级学者打造的智能学术辅助工具。基于海量论文数据，利用猎研AI科研模型，SciChat可以帮助用户轻松完成各类学术科研工作， 包括但不限于文献查找、选题开题、文献综述、论文润色、文本翻译等。SciChat 致力于为用户提供高效便捷的学术研究支持，助力学者们更好地发现知识、探索创新。

星火科研助手是科大讯飞联合中科院文献情报中心推出的一款AI科研助理，基于认知智能大模型和海量的科技文献资源，提供文献成果调研、论文研读和学术写作等科学研究助手功能，显著提升科研人员在文献调研和阅读方面的效率，大幅节约时间和精力。测试显示，使用星火科研助手可以提高论文调研效率10倍以上，论文研读有效率和学术写作采纳率均超90%。

ChatPaper是一款开源的论文速读总结工具，基于文本生成技术。该工具可以帮助用户快速阅读PDF和Arxiv论文，并提供智能回复和互动功能，类似于ChatGPT。此外，ChatPaper还可加速科研全流程，包括润色、优缺点分析与改进建议以及审稿回复等。

readpaper.com是一个基于AI科研大模型的专业社区，旨在为科研工作者提供各种好用的科研工具以及交流平台。“有AI，轻松读论文”。目前提供以下服务：1）文献管理；2）AI阅读器；3）文献搜索；4）学术社区

CNKI AI学术研究助手(CNKI AI for Academic)，是大模型时代同方知网全面拥抱AI、赋能科研创新的全新探索，是推进问答式增强检索和生成式知识服务的场景实践。基于AI技术驱动的智能化服务，可大幅简化繁复的检索与研究流程，用户仅需以自然语言提问，即可直接快速获得答案，并可连续追问。

【科学降重-论文降低重复率平台】具有中英论文降重系统,科学团队具有10年以上论文经验,为广大高校大学毕业生提供专业的重复率检测、论文查重、论文降重、论文在线修改、论文格式规范等一站式服务。

ChatGPT for Research. Consensus is an AI-powered search engine that finds and summarizes scientific research papers. Just ask a question!

Automate time-consuming research tasks like summarizing papers, extracting data, and synthesizing your findings.

The UCI Machine Learning Repository is a collection of databases, domain theories, and data generators that are used by the machine learning community for the empirical analysis of machine learning algorithms.机器学习数据集资源网站，对每个数据集已分好维度，直接下载就可方便测试自己的算法。

用效率推动科研,天下就没有难做的科研”科研者之家（Home for researchers）存在的唯一使命就是提高科研效率,包含多种科研工具如sci写作助手,sci,图例写作工具,个案报道Case,期刊信息查询,热门期刊,国家自然科学基金,国自然分析系统等,

Globe explorer利用人工智能技术筛选搜索结果，构建出一个包含相关信息的知识图谱，比较全面，AI 自动整理成一个思维导图框架.

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Papers With Code highlights trending Machine Learning research and the code to implement it.Papers with Code 是一个专注于机器学习领域的资源网站，它提供了一个平台，让研究人员和开发者能够轻松地找到最新的研究论文、相关的代码实现、数据集以及模型的性能评估。

猎研 SciRadar，SciChat智能学术助手，一站式科技创新情报平台，全球学术期刊、会议论文搜索引擎，文献计量在线分析，极速辅助科研选题，一键导出分析报告。

立理 LitLit 是你不可或缺的 AI 学术工作站。链接全球3亿+论文数据，一键生成包含真实引文的文献综述，参考文献免费下载。更有 AI 论文伴读辅助快速理解论文，SciChat 学术问答免费使用。

Semantic Scholar uses groundbreaking AI and engineering to understand the semantics of scientific literature to help Scholars discover relevant research.Semantic Scholar 的目标是简化科学文献的搜索和阅读过程，通过使用人工智能技术，如自然语言处理，来提取和组织信息，从而帮助研究人员更有效地进行研究工作。

innojoy专利搜索引擎收录全球105多个国家1.4亿多件专利数据,简单易用.专利搜索,innojoy专利搜索,中文专利搜索引擎,专利检索,专利查询,专利下载,发明专利查询网,为我国颇具创新能力的科学家、研发人员、法律专业人士等提供技术情报和研发决策支持,帮助我国用户参与全球性竞争。

AI search engine for research. Find 5x more relevant results than Google Scholar. Discover academic papers, articles, and publications with unparalleled accuracy and efficiency.一个用于学术研究的 AI 搜索引擎，介绍说搜索结果的相关性是 Google Scholar 等解决方案的 5 倍，基本上是英文文献为主，有需要的摸友快去试试。

匡优 AI 出题是一款利用人工智能帮助用户根据需求生成试题的网站。我们提供两种模式：模板出题和资料出题。模板出题内置了约 30 多套模板，涵盖数学、语文、英语等基础教育学科，也支持自定义自识点出题；资料出题可以根据用户上传的 Word 文档内容生成试题，帮助教师和学生高效备考。支持生成常用题型，一次可生成超100 题。

嘎嘎降AI（AIGCleaner）是一个专注于降低论文AI率（AIGC率）和查重率的工具，通过语义同位素分析和风格迁移网络，注入人类写作的不规则性，消除AI生成文本的特征，使论文AI率和查重率下降至20%以下，顺利通过高校教员的双盲实验和知网、维普、万方等国内平台检测。AIGCleaner通过构建人机协同的文本净化生态，既捍卫学术诚信红线，又释放创新思维潜能——让技术服务于青年学者的求真之路，让学术创新回归本质。

数驭穹图数据分析智能体 - 基于AI的智能数据分析平台，为企业提供高效的数据洞察服务。1）上传表格，Excel或CSV。2）输入你想要分析的角度（如果不知道咋写提示词，输“数据分析”或“生成数据看板”也行）。3）啥也不用干，等一分钟，表格就生成了（柱状图，散点图，折线图，热力图等等常见图都有，还蛮精美的）。4）可以自动生成数据洞察和建议，省去自己冥思苦想找规律地时间

阿里出品的在线图表制作工具

MedCite学术引擎是一款基于PubMed医学文献的科研AI工具,（原pubmed.pro网站）

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意念之间，想象成真。

通义万相是阿里云通义旗下的AI创意作画平台，可提供AI艺术创作，可支持文生图、图生图、涂鸦作画、虚拟模特、个人写真等多场景的图片创作能力

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为配合国家《新一代人工智能发展规划》的实施落地，按照科技部关于“产业技术创新战略联盟”的相关规定，2017年7月23日，在科技部试点联盟“AVS产业技术创新战略联盟”的基础上，吸纳了人工智能行业内的顶尖企业、高校和科研院所、资本机构、服务机构、创新创业企业，成立了“新一代人工智能产业技术创新战略联盟”(英文简称“AITISA”)，依托法人单位为“中关村视听产业技术创新联盟”。

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中国科学院（Chinese Academy of Sciences，简称CAS）是中国自然科学和高技术的最高学术机构，同时也是国家科技创新的重要力量。自1949年成立以来，中科院一直致力于科学研究和技术创新，为国家的科技进步和社会发展做出了巨大贡献。

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SimpleITK是美国国家医学图书馆Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK)的一个简化的开源接口，这是一个c++开源图像分析工具包，在学术界和工业界得到了广泛的应用。SimpleITK支持8种编程语言，包括c++、Python、R、Java、c#、Lua、Ruby和TCL。

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